이번 군 조직개편 계획은 구성원의 역량개발과 역량확보가 안된 가운데 군 핵심전략산업인 해양치유산업 중점추진을 위한 조직구조 확대와 인력증원이 안된 팀 신설로 인해 자칫 조직 내 업무추진 과정에서 악순환이 우려되고 있다. 한정된 정원에서 인력을 차출하다보니 팀장과 팀원 2인이나 3인으로 구성되는 팀이라는 기본 조직이 발생하게 되는 것이다. 팀을 더 늘려놓다보니 소수의 팀원으로 업무연관성도 타 팀이나 부서와 찾기가 쉽지 않다.

또한 실제로 신설된 팀이나 기존 팀이 실효성 있는지도 도마 위에 오르고 있다. 기존 팀 중 환경산림과 기후변화대응팀의 경우 의회 차원에서 “지방자치단체에서 하기 힘든 업무다. 일반 업무는 각 부서에서 추진하고 있고, (자료를) 취합 또는 총괄하는데 그치고 있어 과연 존속이 필요한지 모르겠다”는 의견도 나왔다. 이와 비슷한 경우가 해양치유담당관 소속의 해양치유바이오팀으로 지자체에서 감당하기 힘든 업무인데 또다른 기후변화대응팀이 되는 것 아니냐는 우려가 제기됐다. 조직의 업무효율성보다 보여주기식 조직개편 아니냐는 비아냥이 들리는 이유다. 

내부 의견수렴이 제대로 됐느냐는 문제도 제기되고 있다. 완도군공무원노동조합(이하 완공노)도 이번 조직개편과 관련해 개선 및 요구사항 회신 공문을 군 집행부에게 발송한 것으로 확인되고 있다. 공문을 통해 완공노는 단체협약 제42조 ‘조직개편 사전협의’ 불이행에 대한 재발 방지를 개선하고, 단체협약 제40조 ‘격무기피 부서 및 업무 근무환경개선’에 의거한 필수인원 배치를 위한 현실적인 대안 마련과 팀 신설에 따른 현실적인 인원 증원을 요구했다.  

이번 조직개편과 관련해 부수적인 문제일 수 있지만 명칭에 대한 문제도 논란이 되고 있다. 3국 체제로 가면서 ‘복지행정국’이 ‘자치행정국’으로 변경되는데 복지수요가 갈수록 확대돼 가는 마당에 복지가 명칭에서 삭제되는 것도 시대적 흐름과 동떨어진 작명이라는 지적이다. 거꾸로 ‘자치행정’이란 적극적인 개념을 과연 군 집행부가 제대로 이해하고 있느냐는 질문도 나온다. 

이번 2019년 군 조직개편과 관련해 지난해 조직개편안이 의회에 보고됐을 때만해도 ‘너무 서두른다’며 조직개편 시기와 ‘공무원 자리 늘리기’라며 내용에 대해서도 부정적이었던 군의회가 향후 나서는 문제점들을 지속적으로 논의하고 보완해 나간다는 단서를 달고 결국 조직개편안을 통과시킨 것에 대한 책임을 지고 분명한 입장을 내놔야 한다는 여론도 있다. 이번 조직개편과 관련해 다시 조직개편은 없다는 단서를 달았다는 얘기가 나오고 있지만, 군의회가 현재의 조직개편을 어떻게 보고 있는지 군민들은 알고 싶어한다. 이번 군 집행부가 입법예고한 조직개편과 관련한 조례안을 군의회가 통과시킬지 여부가 주목받고 있다.